Als im Jahre 1544 die Lehre Luthers eingeführt wurde, erfreuten sich die Wallfahrten noch großer Beliebtheit, ließen aber mit der Zeit merklich nach und gerieten schließlich ganz in Vergessenheit. 1613 wurde Bethen im Zuge der Gegenreformation wieder katholisch; die Votivtafel in der Kapelle aus 1620 erinnert daran. Eigentlich hätten auch die alten Bräuche und Gewohnheiten der Wallfahrt wieder aufgenommen werden können, hätte nicht zu dieser Zeit auch im Oldenburger Land der Dreißigjährige Krieg gewütet.
So wurde auch die Kapelle zerstört; das Gnadenbild hatte man jedoch in Sicherheit gebracht. Später wurde in der Nähe der 1633 zerstörten Kapelle wieder ein kleines Bethäuschen errichtet und 1652 das Gnadenbild in einer feierlichen Prozession vom nahen Krapendorf nach Bethen überführt. 1992 wurden die Fundamente der 1. Kapelle wieder aufgefunden.
Zur Förderung der Wallfahrten gründete man 1657 in Cloppenburg eine Rosenkranzbruderschaft. Die bald danach vom Droste (Amtmann) des Amtes Cloppenburg, Carl Othmar von Grothaus (1648 – 1690) erbaute heutige Gnadenkapelle wurde 1669 durch den münsterschen Fürstbischof Christoph Bernhard von Galen, der den Neubau unterstützt hatte, feierlich geweiht und unter den Schutz der Gottesmutter und des hl. Antonius v. Padua gestellt. Der Altar wurde 1669 von Bernd Meiering, Rheine gebaut.
Gleichzeitig errichtete man wohl auf den Fundamenten des alten Siechenhauses ein Armenhaus für drei bis vier Arme. Dieses Haus wurde 1948 abgebrochen. Die durch Bischof Christoph Bernhard von Galen eingeführte Mariä-Geburts-Prozession wird 1670 erstmals erwähnt. 1694 hatten die Bemühungen zur Gründung einer Vikarie an der Bether Kapelle dahin gehend Erfolg, dass von nun an regelmäßig an zwei Wochentagen in der Kapelle Gottesdienst gehalten wurde. Am Dienstag zu Ehren des hl. Antonius von Padua, am Samstag zu Ehren der Gottesmutter.
Von der Mitte des 17. bis zur Mitte des 18. Jahrhunderts erlebte die Bethen-Wallfahrt eine Hochblüte. Seit 1750 machte sich ein neuer Zeitgeist „die Aufklärung“ bemerkbar. Die meist von auswärts kommenden Pilger wurden immer weniger und die Prozessionen hörten nach 1850 fast ganz auf. Lediglich die Cloppenburger Prozession am Feste Mariä Geburt und die Fronleichnamsprozession blieben als letzter Rest früherer Wallfahrten bestehen.
Im Ersten Weltkrieg hat der Franziskanerbischof Amandus Bahlmann mit einer gewaltigen Pilgerschar 1914 zum Rosenkranzfest die Wallfahrten wieder eröffnet. In den Nöten und Sorgen des Krieges wurde das Wallfahrtsmotiv der Barockzeit wieder lebendig: Maria, die Beschützerin der christlichen Heimat und Zuflucht der Mütter. Aus allen Orten des Münsterlandes kam man wieder nach Bethen, um zu Füßen der schmerzhaften Mutter für den Schutz der Heimat und das Leben der im Felde stehenden Gatten und Söhne zu flehen.
Bis 1929 entstand dann im Neu-Barockstil die Bether Wallfahrtskirche. Deren Krypta ist den Gefallenen geweiht.
Zwischen den beiden Weltkriegen wurde Bethen wieder zum vielbesuchten Gnadenort. Außer der Mariä-Geburts-Wallfahrt und den zahlreichen Gemeindewallfahrten aus allen Teilen des Landes kamen vor allem große Männerwallfahrten, von denen die im August 1934 unter Teilnahme von 25000 Männern wohl am beeindruckendsten war.
Nach dem Zweiten Weltkrieg konnte sich der Wallfahrtsort Bethen weiter entwickeln. 1948 wurde das Jubiläum „500 Jahre Wallfahrtsort Bethen“ begangen und 1961 wurde der Gnadenort zur selbständigen Pfarre erhoben.
1977 wurde die Wallfahrtskirche zur Basilika erhoben.